申报纳税是为企业提供的申报税款并在线实时支付税款的功能，而实时缴税是为企业提供的查询税务机关申报信息并在线实时缴税的功能。
二者的区别在于申报纳税的功能是集申报与缴税一站式的缴税功能，而实时缴税的功能仅限于企业在税务机关完成税务申报的情况，通过网上银行查询申报信息并进行在线缴税。